慈禧太后當然也知道皇帝這樣子留戀「東邊」，一定有些甚麼花樣在內。但此時她還沒有工夫來管，因為剿捻的軍務，正在緊要關頭。西捻一直流竄無定，朝廷主張追剿，而李鴻章以剿治東捻的經驗，認為「辦流寇以堅壁清野為上策」，嘉慶年間川楚教匪，因用此策而收功，東捻流竄數省，畏圩寨甚於畏兵。同時又上疏指出：西捻「自渡黃入晉，沿途擄獲騾馬，每人二三騎，隨地擄添，狂竄無所愛惜，官軍不能也。又彼可隨地擄糧，我須隨地購糧；勞逸饑飽，皆不相及。今欲絕賊糧，斷賊馬，惟趕緊堅築圩寨，如果十里一寨，賊至無所掠食，其技漸窮，或可剋期撲滅」，因而提出八個字的方針，叫做「防守黃運，蹙賊海東」。
這八個字快要做到了，各路官軍四面兜剿，把西捻張總愚所部，攆到了滄州以南，運河以東的地區。西面運河，東面是海，南面黃河阻隔，像個朝天的口袋一樣，如果能夠把北面鎖住，西捻就成了甕中之鱉了。
恰好有一處地形可以利用，滄州南面有一道壩叫做「捷地壩」，連接一條河叫做「減河」，這條河的作用，本來是在調劑運河的水位，運河水漲則啟捷地壩宣洩洪流，通過減河，往西由「牧豬港」入海。但是減河久已淤塞，不能發生作用，李鴻章的辦法，就是加緊疏浚減河，趁四、五月間漲水之時，灌滿了減河，同時在減河北面築牆，限制西捻北竄。
限制西捻北擾畿輔的任何辦法，朝廷都是全力支持的。這年有個閏四月，雨水特多，天時配合地利，收功在望，李鴻章格外起勁，因為朝廷隱隱然懸了一個「賞格」在那裏，如果他不起勁，這個「賞格」就會落到左宗棠手裏。
這個「賞格」就是一名協辦大學士。從同治元年以來，軍機處和內閣都建立了一個不成文的制度，軍機大臣五員，除掉恭王領班以外，其餘四員，兩滿兩漢。兩漢則又分為一南一北，漢人當軍機大臣的，此時只有沈桂芬一個，他雖生長在京城，但寄籍宛平，原籍是江蘇吳江。王公宗室對漢人，一向親北而疏南，所以把實際上是北方人的沈桂芬，抵用「南缺」，還留著一個「北缺」等李鴻藻丁憂服滿補用。
內閣大學士歷來是兩殿兩閣，一共四員，協辦大學士兩員，都是旗漢各半。上年體仁閣大學士周祖培出缺，遺缺由曾國藩以協辦大學士升補，空出來一個協辦，給了四川總督駱秉章。到了年底，駱秉章病歿，於是吳棠終於如願以償，當到了方面大員，而另一個協辦大學士的遺缺，以資望推論，由吏部尚書朱鳳標升補。他的官運很好，不久就有了一個大學士的缺──武英殿大學士賈楨告病，當懸缺未補之際，慈禧太后和恭王商量，決定拿一個協辦大學士作為「賞格」，在左宗棠和李鴻章之中，誰收平西捻的全功，就是誰當協辦，因而便宜了為醇王啟蒙授讀的朱鳳標，得以早日「扶正」。
為了「入閣拜相」之榮，李鴻章一面請他老師曾國藩勸劉銘傳銷假赴援，一面督飭潘鼎新、郭松林、楊鼎勳的部隊，會同徵發來的民伕，日夜趕工疏浚那條從捷地壩到海邊，全長九十里的減河。而且他自己也不時輕裝簡從，到滄州去視察開河築牆的工程。
這年初夏的雨水特多，運河漲水一丈三四，等減河疏掘完工，打開捷地壩，頓時洪流滾滾，半天工夫就灌滿了減河，加上北岸的長牆，從此可以限制西捻北竄。就這一番「拱衛神京」的功勞，便知道左宗棠爭不過李鴻章了。
減河沿岸由潘鼎新、楊鼎勳兩軍扼守，但還有西面自山東到河北六百里長的一段運河，由李鴻章主持，議定淮軍、皖軍、東軍及直軍分段防守。由於黃河水亦大漲，於是浚深張秋一段的運河，引黃入運，使得楚軍的水師炮船，亦能由張秋、臨清，駛入運河，直抵德州。這一來圈制西捻的部署，全部告成。
張總愚所部，真是成了甕中之鱉，侷促在黃、運相交的張秋北面，濟南以西、臨清以東的禹城、高唐一帶。李鴻章估計形勢，早則三月，遲則半年，一定可以撲滅西捻。論兵力也可以夠用了，但將來的功勞，必為各省援軍所分，想獨建大功，無論如何先要造成淮軍傾全力以當艱鉅的聲勢。而淮軍的大將，人人知道是劉銘傳，如果劉銘傳不出，以後鋪敘戰功，就很難著筆。一定會有人說：「淮軍大將亦未出，即能收功，可知西捻並不如傳說中那樣難辦！」這一來，心血就一半虛擲了。
為此，李鴻章下定決心，非把劉銘傳找出來不可。劉銘傳對他有意見，他是深有所知的，所以除了請老師幫忙以外，特別又上一道奏摺，請旨「令劉銘傳總領前敵馬步各軍。」
李鴻章的奏摺中說：「劉銘傳與臣生同鄉里，少負不羈之材，血性忠勇，智略明達，近時武將中實所罕見。蘇省肅清非臣之功，劉銘傳與程學啟之功為多；任、賴捻股，蔓延數省，幸而殄滅，亦非臣之功，劉銘傳一人之功也。」又說：「現在營中生擒賊黨，皆供稱張逆惟恐劉銘傳復出，時時探問。微臣文弱，辦賊之才，自愧不如。」這樣大棒劉銘傳，一方面是為將來鋪敘戰功作張本；另一方面是有意貶斥左宗棠，意思是說，左宗棠自以為威望蓋世，而西捻怕的是劉銘傳，不是以諸葛亮自命的左宗棠。尤其請旨以劉銘傳總領「前敵馬步各軍」，原是朝廷賦予左宗棠的任務，現在由淮軍部將接手，等於表示左宗棠只好做供李鴻章驅遣的部屬。
這道奏章，除了如請降旨以外，照例抄發有關的統兵大臣「閱看」。左宗棠第一個看不起的就是李鴻章，所以看了這個「抄件」，那一氣非同小可，但眼前無奈其何，只好先忍口氣，找機會翻本。
機會很快地來了。劉銘傳自蒙「恩旨」，曾國藩又派人「勸駕」，加以李鴻章另有密札，動之以情以外，詞氣間隱隱表示，收功在即，不可放棄此可能封爵的難逢之機。於是劉銘傳心動了，延聘名醫，把兩隻腳上的濕氣治得略微好些，勉強能上馬了，隨即動身到山東德州去見李鴻章，出動銘軍助剿西捻。
十萬大軍，四面河海，圍剿萬把人的西捻，自無不能收功之理。就在劉銘傳到達前線的一個半月，張總愚所部投降的投降，被斬的被斬，最後左右只剩下八騎，逃出重圍，被阻於山東聊城東面，運河支流的徒駭河。
等官軍趕到，張總愚不見蹤影，那八個人被殺了六個，留下兩個活口，白刃加頸之下，那兩個人說，張總愚在徒駭河畔，與他們八個人訣別，自道罪孽深重，然後悲呼涕泣，投水而死。
這天是六月二十八，李鴻章以六百里加緊的專差，飛章報捷，朝廷在七月初一就得到了消息。國有大慶，王公大臣及內廷行走人員，照例要「遞如意」祝賀，兩宮太后加上皇帝，一遞就是三柄。珠市口的珠寶店、玻璃廠的古玩鋪，各式各樣的如意，被搜購一空，拜受張總愚之賜，憑空做了一筆好生意。
於是論功行賞，李鴻章的一切處分，悉行開復，還賞雙眼花翎，另外賞加太子太保銜。而那個「賞格」，也毫不吝惜地頒了下來，李鴻章步官文的後塵，以湖廣總督當了協辦大學士，封爵拜相，讀書人的第一等功名，李鴻章都有了。
對左宗棠的「恩典」，跟李鴻章一樣，只是沒有那個「賞格」。最氣人的是，劉銘傳到前線不過一個多月，因為濕氣未癒，不良於行，幾乎沒有上過火線，結果由三等輕車都尉的「世職」，晉為「五等爵」中的一等男。此外淮軍將領，皆膺懋賞，在左宗棠看，都是僥倖。
相形之下，以劉松山自陵西回師，首先入援畿輔的功勞，只得了一個三等輕車都尉的世職，顯失其平，更令人不服。
同時，左宗棠也不相信張總愚已經投水自殺，因為並無屍首為證。淮軍以時值盛暑，屍首必已腐爛，作為找不到的理由，這樣對朝廷作交代，太便宜了李鴻章。「淮軍善於冒功諉過，天下知名。」他對劉松山和原隸陳國瑞的郭寶昌說，「我倒不信邪！你們好好搜一搜，誰把張總愚搜出來，我保誰封爵。」
於是劉松山和郭寶昌部下的馬隊，在河北、山東邊境一帶，展開搜索，大亂雖平而防線不撤，大家都搞不清是怎麼回事？同在直隸佈防的神機營，要求撤防，左宗棠置之不理。又上了一個奏摺，說是「追剿無功」，懇恩收回獎勵的成命。
這個奏摺到京，直隸總督官文和率領洋槍隊駐紮天津的三口通商大臣崇厚，把左、李失和，形成糾葛的情形，也報到了軍機處。大家都知道他難惹，無奈西北禍亂，猶待平定，而曾國藩久萌退志，李鴻章不肯出關，唯有倚重左宗棠，不能不好好籠絡他一番。
於是恭王與文祥、寶鋆、沈桂芬一連談了好幾天，統盤籌劃大局，有了初步的成議。捻軍既平，西北的軍務，列為大政之首，而有西捻回竄的前車之鑒，則平西北與保京畿，又有密不可分的關係，所以決定調動直隸總督，並且也商定了人選。至於西征的兵力，不妨從平捻各軍中遴選，但這要先聽聽左宗棠的意見。因此，奉召入覲的，不是新建大功的李鴻章，而是自稱「追剿無功」的左宗棠。這給了左宗棠一個「翻本」的機會，親自揮汗動筆，洋洋灑灑寫了一道復奏，把淮軍將領，批評得一文不值。
他用譏刺的語氣寫了一筆：「淮皖諸軍皆新立功，其將領皆富貴矣！」毫不客氣地指出，以淮軍西征，是移「隱患於秦隴」。接著談餉，說淮軍一年只發九個月，每人不過三兩多銀子，陝甘糧價比內地貴得多，「窮年累月，勢何能支」？倘或因此發生叛亂情事，朝廷一定責備他不善駕馭。所以他不能不預先顧慮，提出這樣的看法和做法：
「現在各營將領營求入陝者，未必即為忠勇奮發，無須招之使來。各省挑軍入陝之舉，必將有之，未必容臣挑選。臣擬俟回陝後，將陝甘餉事，悉心考究，度可養兵若干？再擇營哨各官，赴安徽、河南開募。此時誠未敢草率從事。」
接下來便是力保劉松山。劉松山在左宗棠確很得力，而出於曾國藩的派遣，這一層，左宗棠在心裏是見情的，這時為了攻擊李鴻章，更不得不暫忘前嫌，大捧曾國藩：
「劉松山本湖南已故道員，賜謚壯武王鑫舊部。臣十餘年前，即知之而未之奇也。嗣由湖南從徵入皖，為曾國藩所賞拔，雖論功按階平進，而屬望有加。臣嘗私論：曾國藩素稱知人，晚得劉松山，尤徵卓識。劉松山由皖豫轉戰各省，曾國藩嘗足其軍食以相待，解餉至一百數十萬兩之多，俾其一心辦賊，無慮缺乏，用能保垂危之秦，救不支之晉，速衛畿甸，以步卒當馬賊為天下先。即此次巨股蕩平，平心而言，何嘗非劉松山之力？臣以此服曾國藩知人之明，謀國之忠，實非臣所能及。特自各省言之，不能不目之為秦軍，以各軍言之，不能不目之為臣部。臣無其實而居其名，撫衷多愧。合特仰懇天恩，將曾國藩之能任劉松山，其心主於以人事君，其效歸於大裨時局，詳明宣示，以為疆臣有用人之責者勸。」
奏摺達於御前，慈禧太后大為讚賞，「左宗棠這支筆真行！」她微笑著向恭王說：「總算對曾國藩也說了一句良心話。」
於是，恭王就在這時候提出調曾國藩為直隸總督的建議。直隸總督，雖為疆臣的首領，但地近京畿，上有政府，下有順天府尹，位尊而權輕，所以不算好缺。慈禧太后對官文久已不滿，在吳棠入覲時，曾想把他留下，但吳棠不願，認為四川總督天高皇帝遠，可以為所欲為，因而陛見事畢，匆匆出京。現在調曾國藩為直隸總督，一則利用他的威望，坐鎮京畿，再則要讓他來練兵籌餉，整飭吏治。同時朝廷有疑難的大政，可以就近諮詢，所以兩宮太后都覺得這是最適當的安排，欣然表示同意。
「那麼，兩江呢？」慈禧太后說，「這是個很要緊的地方，得有個能幹的人去才好。」
「除了曾、左、李以外，現在各省督撫，最能幹的莫過於馬新貽。」
「馬新貽？」慈安太后有些不以為然，「資格太淺了吧？」
馬新貽是山東荷澤人，跟李鴻章同榜，道光二十七年的進士。不曾點翰林，也不曾補京官，榜下即用，分發到安徽當知縣，進士出身的知縣班子，其名叫做「老虎班」，最狠不過。馬新貽頭一天到省，第二天謁見長官，第三天藩司衙門就掛牌，補了廣德州所屬的建平知縣。從此一直在安徽做官，打洪楊，打捻軍，由縣而府，由府而道，一直做到安徽藩司，有「能員」之稱，歷任巡撫都很賞識他。
洪楊平定，馬新貽調升為浙江巡撫，上年十二月，接吳棠的遺缺，繼任閩浙總督。不過半年工夫，移督兩江，升得是太快了些，所以慈安太后說他資望不足。
「臣等幾個也商量過，實在是馬新貽最合適。」恭王從容陳奏：「馬新貽精明強幹，操守亦好。他在安徽服官多年，對兩江地方最熟悉。剿捻的大功告成，淮軍裁遣回籍，要馬新貽這樣的人，才能把那些驕兵悍將，妥為安置。」
「這是要緊的。」慈禧太后問道，「馬新貽跟李鴻章同年，他們的交情怎麼樣？」
「他們是同年至好。」
「那好，就怕他們面和心不和。」慈禧太后轉臉看著慈安太后：「我看，兩江就叫馬新貽去吧。」
「馬新貽的那個缺呢？」
「臣等公議，」恭王接口答道，「仍舊由福州將軍英桂兼署。」
「英桂行嗎？」慈安太后表示懷疑。
「不行也沒有辦法了。」慈禧太后說，「就這樣定了吧！還有，李鴻章也得讓他進京來見個面。」
「是，臣也是這麼打算，有許多洋務上的事，找李鴻章來問一問，就清楚了。」
「好！馬上寫旨來看。」
於是恭王回身向沈桂芬使個眼色，他先跪安退出，找「達拉密」去述旨寫廷寄。
「剛才當著沈桂芬在這兒，我不便說。」慈禧太后這時才向慈安太后解釋，「連漕運、河道在內，一共十個總督，漢人倒佔了八個，如果閩浙總督不教英桂兼署，再放一個漢人，就剩下兩廣一個瑞麟了！」
慈安太后這下才明白，感慨地說：「誰教咱們旗人不爭氣！就是瑞麟在廣東，也夠瞧的！」
